Конодонты являются архистратиграфической, то есть важнейшей для биостратиграфии, группой ископаемых на протяжении почти всего палеозоя, а также триаса. В ордовике они нередко превосходят по этому признаку граптолиты, в девоне и карбоне – остракоды, брахиоподы, аммоноидеи, в карбоне и перми – фузулиниды. Быстрые темпы эволюции конодонтовых элементов позволяют выделять многочисленные зоны, время формирования которых иногда не превышает 1-2 миллиона лет. (Рис. 40) Благодаря активному нектонному образу жизни конодонты широко распространялись по пелагиали древних морей, что делает их непревзойденным инструментом корреляции удаленных разрезов, а также в определенной степени и разнофациальных отложений. В современной стратиграфии большинство границ палеозойских систем, отделов и ярусов получили биостратиграфическое обоснование именно по конодонтам.
Рис. 40. Стандартные конодонтовые зоны верхнего девона (Ziegler & Sandberg, 1990)