Зародыши позвоночных окружены различными оболочками, защищающими их от воздействия внешней среды, что важно для сохранения потомства. Уровень организации позвоночных определяется по наличию или отсутствию зародышевых оболочек. Различают две группы позвоночных: анамнии и амниоты. У анамний отсутствуют зародышевые оболочки. К ним относят из бесчелюстных – круглоротых, а из челюстноротых – рыб и земноводных. У амниот (Amniota, греч. amnion – оболочка пузыря, заполненного околозародышевой жидкостью) сложная система зародышевых оболочек. К ним принадлежат пресмыкающиеся, птицы и млекопитающие. Анамнии тесно связаны с водной средой (первичноводные), амниоты с сушей и реже с водой (вторичноводные).
Важной характеристикой позвоночных является строение хвостового плавника, выполняющего функцию руля при движении. По отношению к осевому скелету и числу лопастей выделяют несколько вариантов хвостового плавника, но главными являются два – протоцеркальный и гетероцеркальный. В протоцеркальном хорда и позвоночный столб на всем протяжении расположены горизонтально, в гетероцеркальном они загибаются в хвостовой части тела вверх или вниз.