Геологическая история. Происхождение бесчелюстных во многом остается невыясненным. Находки фрагментов экзоскелета разнощитковых (кожные пластинки Anatolepis) известны из верхнекембрийских отложений. Бесчелюстные были очень разнообразны в силуре и девоне, вымирают в позднем девоне. Вымирание было связано с появлением в позднем силуре более активных челюстноротых — рыб, которые заселяют пресноводные бассейны и моря. Опасными врагами были и ракоскорпионы, остатки панцирей которых часто встречаются вместе с остатками бесчелюстных. В современной фауне из бесчелюстных сохранились представители круглоротых — миноги и миксины. Поздний кембрий — современность, расцвет – силур-девон.
Принципы классификации и систематика. По строению обонятельного органа, открывающегося наружу одной или двумя ноздрями и ряду других признаков бесчелюстных обычно разделяют на два класса: парноноздревых и непарноноздревых. В последние годы убедительные подтверждения получила гипотеза о принадлежности к бесчелюстным такой прежде загадочной группы, как конодонты. Автор считает целесообразным включить конодонтов в ранге класса в состав бесчелюстных.