Тот факт, что от живших когда-то организмов в ископаемом состоянии остаются лишь мельчайшие зубчики, открывает широкое поле для дискуссий по поводу природы конодонтов. После Пандера на этот счет выдвигались самые разнообразные гипотезы. В частности, высказывались гипотезы об отнесении конодонтов к моллюскам на основании сходства с радулой гастропод (Tillier et al., 1986), червям-олигохетам на основании сходства конодонтов со сколекодонтами (Авдеев, 1984), кожным зубам каких-то вымерших животных.
В последние годы гипотеза о принадлежности конодонтов к хетогнатам получила новые аргументы в свою пользу. А.П. Касаткина и Г.П. Бурий (1997) включили конодонты в самостоятельный надтип Chaetodonta. К нему отнесены все три разновидности конодонтов. Этот надтип, по мнению упомянутых исследователей, состоит из двух типов: Euconodontophyles, к которому отнесены эуконодонты, и собственно Chaetognatha, куда входят протоконодонты и параконодонты (Касаткина, Бурий, 1997; 2001). Продолжалось изучение современных хетогнат. Специалист по этой группе животных А.П. Касаткина обнаружила среди выловленных специальной ловушкой в море Лаптевых хетогнат взрослую особь, обладающую аппаратом зубчиков, похожих на эуконодонты (Касаткина, 2000). К сожалению, эта находка остаётся единственной, как следует не отпрепарирована и детально не изучена. Пока нет дополнительных аргументов, чтобы преодолеть скептическое отношение большинства специалистов к этой гипотезе.
Последние конодонты встречаются в отложениях позднего триаса и затем полностью исчезают из стратиграфического разреза. Невозможно, на наш взгляд, объяснить внезапное появление конодонтов в составе скелета современных животных. Единственная находка не может развеять все эти сомнения, хотя, разумеется, представляет большой интерес и требует дальнейшего внимания.